Làng Yên Mỹ xưa có tên là Tiểu Lan Châu. Đây là vùng bãi rộng lớn ven sông Hồng, hình thành từ lâu đời (Châu = công châu thổ, tức đất bãi bồi), cư dân lập thành ba làng là Đại Lan Châu, Trung Lan Châu và Tiểu Lan Châu[1].

Khoảng giữa thế kỷ 19, sông Hồng đổi dòng, làm cho làng Trung Lan Châu chuyển sang bên kia sông, nên làng này đổi thành Đại Quan (có nghĩa là ở cửa sông Hồng; nay thuộc xã Văn Đức, huyện Gia Lâm); Đại Lan Châu đổi thành Đại Lan nay thuộc xã Duyên Hà); làng Tiểu Lan Châu, không rõ từ bao giờ đổi thanh An Mỹ (hay Yên Mỹ). Muộn nhất là đến đầu thế kỷ 19, tên Yên Mỹ đã xuất hiện[1].

Xưa cũng như nay, Yên Mỹ luôn là một xã độc lập. Đầu thế kỷ 19, xã thuộc tổng Vạn Phúc, huyện Thanh Trì, phủ Thường Tín, trấn Sơn Nam Thượng (từ năm 1831 thuộc tỉnh Hà Nội, từ 1902 thuộc tỉnh Cầu Đơ, năm 1904 đổi làm tỉnh Hà Đông[1].

Từ tháng 5 - 1961, cùng với các làng xã khác trong huyện Thanh Trì, làng được chuyển về thành phố Hà Nội[1],[2]..

Trước Cách mạng Tháng Tám 1945, Yên Mỹ là một làng lớn, với 2855 nhân khẩu (năm 1928), gần gấp 3 lần dân số của một làng bình thường ở châu thổ Bắc Bộ[1].

Yên Mỹ ở Đông Nam Kinh thành Thăng Long, ngoài đê sông Hồng, được phù sa bồi đắp nên cây cỏ tốt tươi, tạo điều kiiện thuận lợi để phát triển nông nghiệp, nhất là chăn nuôi trâu bò. Trâu bò ở đây được chăm sóc chu đáo nên béo tốt, da bóng nhẫy, bán bao giờ cũng được giá, có thể liệt vào những sản vật nổi tiếng của Thanh Trì "Lúa làng Ngâu, trâu Yên Mỹ" (Ngâu tức làng Yên Ngưu, xã Tam Hiệp)[1].